실험실
대학원에 다니면서 개인적인 또는 주변 사람들의 편의를 위해서 만든 소소한 코드들을 공유합니다.
- 줄 줄이기
- 입력한 내용에서 원하는 배수만큼 줄을 건너뛰면서 줄을 줄입니다. 시뮬레이션 데이터 등 plot 하기에 너무 많은 데이터 세트가 있을 경우에 사용할 수 있습니다.
- 줄이 많은 경우 파이썬 버전을 이용하실 수 있습니다. 180521_reduce_line.py
- 많은 화합물의 SMILES 코드 찾기
- SMILES 코드는 화학식을 컴퓨터의 문자열 형태로 쓴 것입니다. SMILES 코드를 이용하면 어떤 분자의 구조를 그릴 수 있습니다.
- 많은 화합물의 logP, logD 구하기
- Chemspider 라는 사이트의 API를 활용해서 예측된 logP 또는 logD 값을 불러옵니다.
- PK 관찰 데이터와 시뮬레이션 데이터 사이의 Root Mean Squared Logarithmic Error (RMSLE) 구하기
- RMSLE는 비교하고자 하는 두 데이터가 평균적으로 얼마나 차이가 나는지 log 단위로 나타냅니다.
- PBPK 모델 예시
- 온라인 데이터에서 어떤 화합물의 화학적 성질을 쉽게 불러올 수 있고, 이를 이용한 경험식들로 구현된 PBPK 모델을 작동시켜볼 수 있다.
- 각 파라미터는 알고 있는 값으로 바꿔서 입력할 수 있다.
- Tissue-to-plasma partition coefficient predictor